不久，李明睿公开上疏，建议“南迁”。他说：如果皇帝“南迁”，京营兵可以护驾，沿途还可以招募数十万士兵。山东的一些王府可以驻跸，凤阳的中都建筑也可以驻跸，南京有史可法、赵谦可以寄托大事，建立中兴大业。京师可以委托给魏藻德、方岳贡等内阁辅臣，辅导太子，料理善后事宜。

朱由检把他的奏疏交给内阁议论。内阁首辅陈演反对“南迁”，示意兵科给事中光时亨，严厉谴责李明睿的“邪说”，声色俱厉地扬言：不杀李明睿，不足以安定民心。

李明睿不服，极力为“南迁”声辩，援引宋室“南迁”后，国祚延续一百五十年的先例，反复论证，只有“南迁”才可以有中兴的希望。

朱由检对光时亨的意见很是反感，当面训斥他是出于“朋党”的意气用事，下达圣旨：“光时亨阻朕南迁，本应处斩，姑饶这遭。”态度虽然十分坚决，但是大臣们都缄口不言。

都察院左都御史李邦华是支持李明睿的，他写给皇帝的秘密奏疏，提出折中方案，派遣太子“南迁”，把南京作为陪都，留下一条退路，维系民众的希望。朱由检看了他的奏疏，赞叹不已，兴奋得绕着宫殿踱步，把奏折揉烂了还不放手。立即召见内阁首辅。（温体仁死后，朱由检考虑到周延儒在东林中的声望，放弃用他做首辅，不久前陈演进内阁首辅大臣。）

朱由检说：李邦华说得对！陈演是坚决反对“南迁”的，故意向外透露了这个消息，并且鼓动言官猛烈抨击“南迁”的主张。

朱由检感受到“南迁”的压力，立场发生微妙的变化，他再次召见内阁辅臣时，作出了和他的本意大相径庭的决定：死守京师。他的理由是：如果朕一人单独而去，宗庙社稷怎么办？陵寝怎么办？京师百万生灵怎么办？国君与社稷同生死，是道义的正统。

阁臣们建议，让太子“南迁”，延续国祚。

朱由检反驳道：朕经营天下十几年，尚且无济于事，太子这样的哥儿孩子家，做得了什么事？先生们乘早研究战守的对策，其他的话不必再讲了。

朱由检在“南迁”问题上，实在是身不由己，关键在于内阁首辅陈演坚决反对。陈演也有压力，不得不乞求辞职。

朱由检在罢免他的前一天，对陈演说了这样一句意味深长的话：“朕不要做，先生偏要做；朕要做，先生偏不要做。”对这位辅政大臣的消极辅政，显得无可奈何。

所谓“朕要做，先生偏不要做”的事，就是“南迁”。

继任的内阁首辅魏藻德，更加老奸巨猾，采取明哲保身的态度，对“南迁”不置可否。当巩永固、项煜提议“南迁”时，他都在场，始终一言不发，用沉默来表示委婉的否定。使得朱由检感到孤立无援，在龙椅上耸身舒足，仰天长叹。

周皇后为此感叹不已，她是江南人，倾向于“南迁”，由于无法成行，遗憾地说：可惜朝廷没有有力的支持者。一语道破其中的奥秘。

于是赵谦想辅佐朱由检中兴大明的梦想完全破裂了。

崇祯十七年正月十七日半夜，守城太监曹化淳率先打开外城西侧的广甯门，农民军由此进入南郊一带。正月十八日，李自成派在昌平投降的太监杜勋入城与崇祯秘密谈判。